Marlom Jobsom, o sistema ext4 (e mesmo os anteriores) têm uma preocupação de não fragmentar os ficheiros ao contrário do Windows. Isto obviamente que acarreta uma perda de performance, mas é algo que garante uma qualidade nos dados considerável, ao contrário de sistemas como o NTFS que passam o tempo todo a fragmentar.
Bom, se você precisa de desfragmentar essas partições no Ubuntu? Não! Mas se você quiser, que irá certamente melhorar 1% na fragmentação que em termos de performance deve ser praticamente irrisório o resultado, então veja o seguinte:
Relativamente à procura de erros, o Ubuntu também o faz periodicamente (um pouco à imagem do Windows) portanto também não precisa de se preocupar sobre isso. No entanto, novamente, se você quer realmente ver como está a saúde do seu Ubuntu, abra uma aplicação chamada "Utilitário de Disco" (Em BR pode ter outro nome; em inglÊs é: "Gnome-Disks") criada por
David Zeuthen e que já vem instalada no Ubuntu.