Eu sou utilizador de ambos Ubuntu/Fedora, e o que lhe posso dizer sobre estes? Bem além dos pacotes, como foi referido, também existem algumas diferenças estruturais (que nesta última versão está a tentar aproximar aos do Debian através de atalhos), fazendo com que a localização de determinadas aplicações ficassem em directorias diferentes. Um exemplo de diferença é a localização onde pode encontrar os módulos do Python (vi-me à nora para os encontrar, estando tão habituado a usar o Ubuntu, que quando fui à procura no Fedora, perdi quase uma hora até dar com ele).
Para além disto, o Fedora apresenta melhor compatibilidade com determinados hardwares devido ao seu novo sistema (que apenas será inserido no Ubuntu 12.10, daí a exclusão do Unity 2D). Em termos de estabilidade do sistema, em nada me tenho a queixar! Fedora é bem estável.
Mas como tudo tem a sua desvantagem, o Fedora 17 não permite grandes
addons... Como decidiram retirar todas as bibliotecas antigas, o Avant Window Navigator não compilou e ficou fora dos repositórios! O Docky funciona a menos de 50%, à miníma coisa vai abaixo

Até ao momento, a única dock que está a funcionar é a Cairo Dock.
O Cinnamon no Fedora, como é a versão UP1 (ao contrário da versão do Ubuntu que é a UP3) funciona com muitas quebras... Não o recomendo, pois se o tentarem usar poderão deparar-se com muitas falhas, deixando de responder a qualquer comando!