Boas Luís, desculpa a demora em responder!
 Então vamos lá, abres a tua pasta pessoal com o Nautilus, seguido de Ctrl+H para teres acesso aos ficheiros ocultos.
 Vais à pasta .config e depois à dconf.
 Lá dentro irás encontrar um (1) único ficheiro com o nome "user".
 Se quiseres faz um backup desse ficheiro, mas te digo, que não é necessário.
 Basicamente, por minhas palavras, o que esse ficheiro faz é guardar as tuas configurações pessoais. Tema (total), Ícones, configuração da barra lateral do Unity e definições de energia (screensaver, tempo até desligar/bloquear ecrã,etc) e o fundo da Área de Trabalho.
 Agora não te assustes, pois como já disse, aconteceu comigo e foi o que fiz! Posso-te dizer que é seguro e não há problema nenhum em o fazeres!
 Apagas esse ficheiro e renicia o PC. Todas as configurações descritas acima vão estar como de "fábrica" (default).
 Depois é só voltares a escolher o Tema, Ícones, configurares a Barra Lateral do Unity e não esquecer, ires às Definições de Sistema e definires as TUAS configurações de Energia de novo, assim com o Fundo da Área de Trabalho.
 Descobri este "workaround" neste link:  
http://askubuntu.com/questions/73576/appearance-does-not-change-on-switching-the-theme Lê a parte que transcrevo aqui:
 @ScottSeverance I refined/edited my solution. Only remove ~/.config/dconf/user. Then many settings like Desktop background and so on are gone, too. But this is more fine than removing the whole ~/.config folder.
 Cumps.
 P.S. - Quero acrescentar que este problema me aconteceu antes de ter instalado o Cinnamon. E que, desde que comecei a utilizar temas mais recentes (GTK3 e Gnome-Shell), nunca mais me voltou a acontecer.
 O que me leva a acreditar que estaria relacionado com o uso de temas mais antigos (só GTK2) que ao serem incompatíveis, criavam este problema.