Will, se puder ser primária, é preferível. Porquê lógicas e primárias? Bom, a resposta é extensa e se quiser aprender sugiro a wikipédia:
http://pt.wikipedia.org/wiki/Parti%C3%A7%C3%A3oResumindo, os discos só permitem ter "naturalmente" 4 partições primárias. No entanto, há casos em que são necessárias partições. Nesses casos cria-se partições lógicas que criam uma espécie de camada secundária, não natural (este natural tem muito que se lhe dica, mas para simplificar fica assim).
Portanto, se você não vai precisar de mais do que 4 partições, use só primárias! Se vai precisar de mais partições, então crie uma partição que terá partições lógicas!
