Boas janailson leite, para apagar qualquer programa instalado no Wine, incluindo os ícones, só tens que apagar a pasta desse programa que se encontra dentro da directoria Programas.
O caminho a seguir para encontrar essa pasta é o seguinte:
Abres a tua pasta pessoal no Nautilus (ou no teu explorador de ficheiros preferido), pressionas as teclas "Ctrl" + "H" para teres acesso às pastas ocultas.
Procuras pela pasta ".wine" e dentro dela irás encontrar outra pasta de nome "drive_c", entras nessa pasta e lá estará a tua pasta de "Programas" que tens instalados no Wine.
Para finalizar e, já dentro da pasta Programas, apaga todo e qualquer programa que queiras eliminar permanentemente (os ícones serão também eliminados!).
Se mesmo depois disso ainda estiver algum ícone presente no "dash", reiniciando o PC fá-lo-à desaparecer de vez!
Isto acontece, pois a "base de dados" do Ubuntu tem de ser actualizada para que certas mudanças tenham efeito.
Para te dar 1 exemplo, quando instalas novas fontes no ubuntu, tens de actualizar a base de dados, caso contrário não terás a fonte disponível até reiniciares o PC. Exceptuando se o fizeres através de algum PPA, pacote DEB, script específico ou de um programa para o efeito, como o Fontematrix que actualiza a base de dados quando abres o programa.
Como é evidente o "cron" faz o update diário da base de dados do Ubuntu, mas não é feito quando queremos, mas sim quando o "cron" o acha necessário.
Logo, se não quisermos esperar por esse update do cron de forma a termos a base de dados actualizada depois de termos feito alterações, como a instalação de novos programas, ou a sua desinstalação, podemos recorrer ao poderoso Terminal para o fazermos.
Então abrindo o terminal, basta executar o seguinte comando para actualizarmos a nossa base de dados:
inserimos a nossa password e ENTER.
Cumps.